Деснянське басейнове управління водних ресурсів є бюджетною неприбутковою організацією і належить до сфери управління центрального органу виконавчої влади у галузі розвитку водного господарства і меліорації земель, управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів – Державного агентства водних ресурсів України.

Виконання покладених завдань та функцій у межах Чернігівської області Деснянське БУВР здійснює через Борзнянське, Корюківське, Ніжинське, Сосницьке, Чернігівське міжрайонні управління водного господарства, у складі яких діє

17 експлуатаційних дільниць.