Деснянське басейнове управління водних ресурсів є бюджетною неприбутковою організацією, яка належить до сфери управління центрального органу виконавчої влади, який реалізує державну політику у сфері розвитку водного господарства та гідротехнічної меліорації земель, управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів – Державного агентства водних ресурсів України.

Виконання покладених завдань та функцій у межах Чернігівської області Деснянське БУВР здійснює через Борзнянське, Корюківське, Ніжинське, Сосницьке міжрайонні управління водного господарства, в складі яких діє 3 експлуатаційні дільниці.